研究背景：Olink邻位延伸分析（Proximity Extension Assay，PEA）技术在高质量多重蛋白质分析中表现优异，特别适合于对人类和小鼠模型的类器官、iPSC、细胞系以及条件培养基进行研究。该技术依赖于两种与寡核苷酸偶联的抗体同时结合于靶蛋白的邻近位点，使得寡核苷酸形成独特的DNA模板，随即可通过qPCR进行扩增和最终检测。PEA技术仅需1μL样本，能够在多种样本基质中提供可靠的数据，这为从人类和动物细胞系中获取重要见解提供了支持，涵盖了包括CRISPR基因编辑在内的各种应用，且不会妨碍数据质量。

由于肠上皮细胞（IEC）增殖率高，化疗常会导致肠道损伤，进而影响T细胞的行为，但其具体机制尚不明确。本研究中，作者基于人类肠道类器官的损伤模型，探讨化疗对T细胞行为的直接影响。通过对化疗损伤与未处理类器官培养基进行PEA蛋白组学分析，旨在为后续CRISPR介入的机制研究提供依据。化疗后类器官培养基中的蛋白组学分析为后续的CRISPR实验提供了信息，帮助评估由间质损伤诱导的T细胞活化机制。

Gal-9被认为是肠道损伤和炎症的潜在生物标志物，且可能成为防治损伤的治疗靶点。在后续研究中，使用抗Gal-9阻断抗体或运用CRISPR/Cas9介导的Gal-9敲除，成功抑制了肠道类器官损伤引起的T细胞增殖、干扰素-γ的释放和迁移，为新的治疗策略提供了参考。

在流行病学研究中发现，大麻的使用与心血管疾病（CVD）风险增加相关，但机制尚不明确。Δ9-四氢大麻酚（Δ9-THC）是大麻中的主要精神活性成分，与血管中的大麻素受体1（CB1/CNR1）结合，并与CVD风险相关。英国生物样本库（UKB）数据分析显示，使用大麻者的心肌梗塞风险显著高于非使用者。Olink蛋白组学Target96炎症面板检测到与动脉粥样硬化和心血管疾病风险相关的细胞因子和趋化因子显著增多。通过计算机模拟，发现染料木黄酮（豆类中普遍存在的异黄酮）与CB1受体结合并抑制其活性。人类诱导多能干细胞衍生的内皮细胞被用于模拟Δ9-THC诱导的炎症和氧化应激，结果显示，使用siRNA、CRISPR干扰以及染料木黄酮减少CB1受体的表达，可以减轻Δ9-THC的影响。

伴放线菌聚集杆菌（Aactinomycetemcomitans）是影响牙周病的主要病原体，能够引发强烈的免疫反应，推动疾病进展。NLRP3炎症小体与牙周病的发展密切相关，但其在感染过程中调节免疫反应的具体机制仍不清楚。本研究调查了炎症小体相关蛋白caspase-1、caspase-4和NLRP3在放线菌聚集杆菌感染期间对牙龈上皮细胞免疫反应的调节作用。研究采用CRISPR/Cas9技术创建缺失NLRP3、caspase-1或caspase-4的人类牙龈上皮细胞(Ca9-22)，并运用PEA技术对感染伴放线菌聚集杆菌后的CRISPR编辑细胞进行蛋白组学分析。结果表明，相较于NCTC9710菌株，JP2菌株HK1651诱导了更高水平的IL-1β和IL-1RA释放，并导致更多的上皮细胞死亡。这些结果进一步证明了对caspase-1、caspase-4和NLRP3的依赖性。

针对炎症相关蛋白（OlinkTarget96炎症面板）进行的蛋白分析显示，与未刺激的Cas9以及NLRP3缺陷细胞相比，HK1651感染后37种蛋白的表达显著变化。研究结合CRISPR基因编辑和蛋白组学分析，阐明了NLRP3在伴放线菌聚集杆菌感染过程中的作用，强化了NLRP3作为调节感染期间免疫反应的关键因素的观点。

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